Una vez identificados los tipos de absentismo la empresa deberá analizar las causas de ese absentismo. Para ello, tendrá que tener en cuenta que el absentismo es un fenómeno multicausal y complejo que está relacionado con la empresa, el individuo y la sociedad, por lo que se tendrán que analizar las causas objetivas y las causas subjetivas. Las causas del absentismo se pueden clasificar en cuatro grupos:
Estudios recientes han encontrado una correlación positiva entre la generosidad de las coberturas de las bajas médicas y el número de éstas y también se detectan más bajas en los países en que existe mayor cobertura de protección por desempleo.
Diversos estudios documentan que factores relacionados con las condiciones de trabajo, como por ejemplo: el modelo de retribución, el estilo de dirección, el tipo de contrato, tipo de trabajo realizado, el trabajo en equipo, el ambiente laboral que rodea el trabajo, las medidas de conciliación y la propia cultura que sobre el absentismo exista en la organización; influyen en el absentismo de la empresa.
Asimismo, el tipo de empresa, su tamaño, el sector al que pertenece, si es empresa pública o privada también influyen en el absentismo.
El absentismo es un fenómeno anticíclico. En las épocas de crisis económica el absentismo disminuye y en las épocas de recuperación económica los índices de absentismo aumentan.
Por un lado algunos estudios establecen una vinculación entre las ausencias y los factores demográficos del individuo: edad, sexo, estado civil y por otro lado, cuando se analizan las ausencias es necesario analizarlo desde el punto de vista de la relación del individuo con la organización, esto es, aspectos relacionados con el compromiso organizacional, la satisfacción y la implicación de cada trabajador en su trabajo y con su empresa.